Костел та монастир бернардинів заснував власник міста князь Януш Острозький у 1614 році. Будівництво завершили князі Олександр та Владислав-Домінік Заславські. Розташування монастиря на західній околиці міста доповнювало його обороноздатність. Могутня вежа-дзвіниця костелу виконувала сторожові і оборонні функції.
У східній частині монастиря розташовувався сад із плодовими деревами. Крім будівель у межах садиби монастиря, йому належали будинки за огорожею. З півночі був розташований дерев’яний дім – т. зв. «бровар», який служив пивоварнею. З південної сторони, яка веде до центру міста, костелові належав будинок шпиталю для літній людей.
У другій половині ХVІІІ ст. у костелі споруджено декілька вівтарів у стилі рококо. У створенні цих вівтарів приймали участь учні відомого майстра різьби – львівського скульптора Іоана Пінзеля, якого називають українським Мікеланджело.
У підземеллях цього собору знаходились поховання шляхетських родів Сангушків, Любомирських, Іллінських, Франковських. Підземний хід, який вів з оборонного рову до крипт костелу, описав М. В. Гоголь у всесвітньо відомій повісті «Тарас Бульба».
У 1855 році костел посвячують у православний Свято-Миколаївський собор. У 1909 році Свято-Миколаївський собор був переведений у новозбудовану Свято-Іллінську церкву, а у бернардинських будівлях відкрили жіночий православний монастир.
З приходом польської влади у 1921 році сюди повернулися бернардини, а вже у 1928 році вони залишили монастир. Тоді ж у будівлях монастиря засновують духовну семінарію візантійсько-словянського обряду.
Після Другої світової війни у монастирі розташували фабрику художньої галантереї і змінили зовнішній вигляд кляштора до невпізнання. У костелі облаштували склад.
З 1993 року у костелі знаходиться Свято-Миколаївський собор.